Budynki klasztorne opactwa bierzwnickiego zlokalizowano na południe od kościoła.
Klasztor wzniesiono w stylu gotyckim, na początku XIV w.
Ściany skrzydeł klasztornych wykonano z cegły o wymiarach 29,5 x 13,5 x 10,5 cm w wątku wendyjskim. Skrzydła klasztoru, wraz z krużgankami tworzyły zwarty czworobok przylegający do ściany południowej kościoła. Skrzydła wschodnie i zachodnie klasztoru były pierwotnie dwukondygnacyjne – obecnie posiadają tylko jedną kondygnację w układzie jednotraktowym. Posadowiono je na fundamentach z dwóch warstw kamieni narzutowych zwieńczonych warstwą kwadr granitowych oraz cegły (częściach podpiwniczonych).
Krużganki otaczały wewnętrzny dziedziniec, wirydarz, zbliżony kształtem do kwadratu o boku ok. 15,5 m.
Krużganki otwierały się na wirydarz otworami zamkniętymi łukami ostrymi. Ściany krużganków od strony wirydarza były oskarpowane i otwierały się na wewnętrzny dziedziniec łukami arkad, które w XIX w. zamurowano, umieszczając w nich ostrołukowe okna.
W przęśle czwartym umieszczono drzwi, prowadzące na dziedziniec.
Zachowały się częściowo przemurowane sklepienia krzyżowo-żebrowe. Obecne wejście do klasztoru od strony wschodniej – to ostrołukowy portal wykonany w XIX w.
W krużgankach zastosowano sklepienia krzyżowo-żebrowe.
Pierwotne sklepienia krzyżowo-żebrowe przetrwały jedynie w krużgankach wschodnim i południowym.
Żebra o profilu migdałowym z ćwierćwałkami spływają na ceramiczne wsporniki, dekorowane motywami roślinnymi, figuralnymi i geometrycznymi.Pośrodku wirydarza odsłonięto, użytkowaną w średniowieczu przez zakonników, studnię.
W narożniku północno-zachodnim wirydarza odsłonięto datowany na początek XIV wieku fundament pieca, o wymiarach 6,50x 1,50, użytkowany w okresie wznoszenia opactwa, obecnie niewidoczny. Dwukomorowy obiekt prawdopodobnie służący do wypału detali specjalnych był użytkowany w okresie wznoszenia opactwa.
Został on usytuowany w odległości od 2, 5m od zewnętrznej ściany krużganka zachodniego w linii wschód-zachód.
Budynki klasztorne miały dachy dwuspadowe, kryte dachówką typu „mnich” i „mniszka” oraz dachówką płytową.
Z pierwotnych zabudowań klasztornych zachowały się tylko skrzydło wschodnie i południowe klasztoru.
Obecny krużganek wschodni otwiera się na wirydarz czterema przeszklonymi arkadami.
Wnętrze skrzydła wschodniego zachowało niezmieniony układ pomieszczeń średniowiecznych: przylegająca do kościoła zakrystia, następnie pomieszczenie będące niegdyś biblioteką ( armarium) i dawny kapitularz.
Krużganek wschodni
W krużganku wschodnim przetrwało pierwotne sklepienia krzyżowo-żebrowe Żebra o profilu migdałowym z ćwierćwałkami.
Wnętrze skrzydła wschodniego zachowało niezmieniony układ pomieszczeń średniowiecznych.
Zakrystia
Bezpośrednio do kościoła przylega zakrystia, sąsiadująca z kościołem od południa, jest pomieszczeniem na rzucie kwadratu, o lekko trapezoidalnym rzucie o czterech polach sklepiennych z motywem wpisanego rombu oraz dwudzielnych przęsłach trójkątnych w narożach. Posiada pary łuków przyściennych, z nasadami żeber, na których rozmieszczono wsporniki w kształcie masek i ostrosłupów, ( pojedyncze żebra w narożach i triady na osiach ścian), pozwalają zrekonstruować sklepienia żebrowe z przekątniowo wpisanym kwadratem.
Obecnie pomieszczenie zakrystii jest przesklepione stropem żelbetowym (1957 r.).
Na ścianach są nadal widoczne łuki tarczowe sklepień z fragmentami żeber wychodzącymi z umieszczonych na lizenach wsporników.
Za zakrystią zlokalizowane jest niewielkie pomieszczenie, obecnie przesklepione stropem kolebkowym – zapewne za czasów cysterskich armarium (biblioteka).
Dawny kapitularz- „serce” klasztoru, najważniejsze pomieszczenie po kościele, posiada wymiary 8×6,20 m, jest umiejscowiony między armariom (biblioteką) a domniemaną klatką schodową na pierwszą kondygnację, a rzekomym karcerem.
Kapitularz – trójprzęsłowa sala – (pierwotnie nakryty sklepieniem żebrowym) obecnie przekryty współczesnym drewnianym stropem, posiada pozostałości przęseł trójoporowych w przęsłach skrajnych narożnikowych.
W wyniku prac wykopaliskowych odkuto zamurowany portal kapitularza, dwudzielny, zamknięty łukiem trójlistnym oraz fragmenty oryginalnej posadzki gotyckiej.
Pierwotna gotycka posadzka z XIV w. zachowała się na około 30 % powierzchni kapitularza (narożnik północno-wschodni i południowo- zachodni), wykonana z płytek ceramicznych, w większości o wymiarach 16,5 x16,5 x 4,5cm.
Pierwotny portal wejściowy kapitularza został odtworzony i odrestaurowany w 1997 r., na podstawie odkrytych fragmentów. Znajdował się na osi ściany zachodniej. Przetrwały dolne partie profilowanych ościeży, fragmenty detali ceramicznych – z nich skonstruowano bazę i trzon filarka dzielącego portal oraz odcinek łuku okrągłego otworu.
Pozostałości te pozwoliły zrekonstruować portal w typie biforium.
Posiadał on odrębne profilowanie ościeży i łuku nad częścią kapitelową ościeży, którą tworzyły specjalne, zdobione detale ceramiczne.
W płycinie utworzonej przez ramiona łuku ostrego zamykającą górną partię portalu umieszczony był okrągły otwór średnicy ok.60 cm, obecnie wypełniony witrażem.
Otwór otaczał łuk tworzący formę trójliścia.
W okulusie portalu znajduje się współczesny witraż z wyobrażeniem trzech ryb i jednej głowy symbolizujący Trójcę św., na podstawie odnalezionej płyty fryzowej.
Wykonany w pracowni witrażowej Marcina Czeskiego z Poznania.
Po obu stronach portalu kapitularza, we wschodnich i i zachodnich biforiach, znajdują się ostrołukowe płyciny z przeźroczami, w których umieszczono również ozdobne witraże, wykonane w pracowni witrażowej Marcina Czeskiego z Poznania.
Fundamenty kapitularza wykonane z dwóch warstw kamieni narzutowych w połowie pomieszczenia zostały częściowo zniszczone – uzupełniono je gruzem i rumoszem.
Ściana wschodnia kapitularza zachowała pierwotny układ trzech płycin z ostrołukowymi otworami okiennymi ( przebudowane w XVIII i XIX w.) oraz reliktami dodatkowego rozczłonkowania partii podokiennej.
W kapitularzu zachowały się także pozostałości polichromii: powyżej łuku portalu (zaznaczone ciemną barwą spoinowania na tle pobiały), na sfazowaniu łuków płycin ( ukośne czerwonobrunatne linie), na krawędzi płyciny północnej ( linearny zarys twarzy z okiem), przy łukach nisz podokiennych (kilka warstwa różnobarwnej malatury).
Zniszczone sklepienie krzyżowo-żebrowe zastąpiono współczesnym (w 1991r. ) stropem drewnianym, prostym.
W kapitularzu zachowała się jedna konsola z motywem podwójnych lilii oraz umieszczony wtórnie wspornik narożnikowy z wizerunkiem wołu w koronie.
Potrójny wizerunek wołu w koronie został wmurowany wtórnie w kapitularzu. Ponieważ poziom pierwotny posadzki uległ podwyższeniu o 40 cm (krużganek południowy), a o 80 cm (krużganek wschodni) – konsole obecnie znajdują się na wysokości oczu patrzącego.
Krużganek południowy
Również w części krużganka południowego zachowały się sklepienia krzyżowo-żebrowe.
W południowym zakończeniu skrzydła wschodniego znajduje się rozmownica ( parlatorium) i sala braci (fraternia).
W obu pomieszczeniach odtworzono współcześnie sklepienia krzyżowo –żebrowe w oparciu o pozostałości i fragmenty łuków tarczowych sklepień krzyżowo-żebrowych i pojedynczych żeber sklepiennych na kilku zachowanych konsolach.
W skrzydle południowym odrestaurowano pomieszczenia parlatorium i fraterni, w obu pomieszczeniach zrekonstruowano sklepienie krzyżowo-żebrowe, ze spływającymi na umieszczone na przyściennych filarach wsporniki ozdobione motywami stylizowanych lilii heraldycznych oraz uzupełniono współczesnymi wspornikami.
Parlatorium ( rozmównica) to wąskie, czteroprzęsłowe pomieszczenie od strony wschodniej.
W parlatorium powtarza się motyw pojedynczej lilii, a na konsolach lizen, między ostrołukowymi płycinami ściany oddzielającej parlatorium od sali braci, umieszczono motywy roślinne- liść winnej latorośli i liść kasztanowca.
Fraternia (sala braci) jest pomieszczeniem szerszym, trójprzęsłowym od strony zachodniej.
We fraterni, w trakcie badań archeologicznych, pod poziomem posadzki z cegły (fragmenty zachowane w narożniku północno- zachodnim), między kolebkami stropów piwnic, dokonano cennego odkrycia fragmentów systemu grzewczego typu hypokaustum. Odkryte relikty pierwotnego systemu grzewczego stanowią cenne świadectwo średniowiecznej myśli technicznej cystersów. Tworzył go system kanałów do rozprowadzania ciepłego powietrza, wykonanych z cegły i specjalnych płyt ceramicznych z otworami połączonych ceglanymi przewodami z kanałami widocznymi w ścianie.
Wydobyte z piwnic elementy i płyty systemu grzewczego znajdują się w kapitularzu na ekspozycji detali archeologicznych.
W sali braci wszystkie konsole skuto.
Do fraterni przylega znajdująca się w skrzydle południowym, calefaktorium, obecnie służące parafii.
Pomieszczenia mieszkalne plebanii (dwa pokoje i kuchnia) powstały prawdopodobnie z refektarza, którego relikty zaznaczono jeszcze w czasie XIX-wiecznej inwentaryzacji (Adler 1898). Prowadziły do niego z krużganka południowego dwa ostrołukowe otwory drzwiowe, zachowane, z przemurowaniami.
Wysunięte jako ryzalit pierwotnego skrzydła zachodniego, współczesne zakończenie skrzydła południowego ma charakter wtórny.
Natomiast pomieszczenie użytkowane jako salka katechetyczna – w przedłużeniu krużganka południowego – jest jedynym zachowanym fragmentem dolnej kondygnacji skrzydła zachodniego.
Pod zakończeniem południowym skrzydła wschodniego i skrzydłem południowym znajdowały się sklepione kolebkowo piwnice.
Również ze skrzydła zachodniego pozostały prawie całkowicie zachowane fragmenty piwnic i fragmenty fundamentów krużganka zachodniego.
Elewacje zachowanych skrzydeł klasztornych obecnie nie posiadają szkarp.
Jedynie przy szczycie południowym skrzydła wschodniego zachowały się dwie przypory – jedna pierwotna (od zachodu) i jedna wtórna (od wschodu).
Zachowane obiekty pokrywają dwuspadowe dachy (na więźbie drewnianej z 1958), pokryte dachówką.
Do pierwotnej elewacji wschodniej, w której obecnie znajduje się główne wejście do budynków klasztornych, prowadzi nachylony w kierunku południowo-wschodnim dość stromy podjazd z wykonanymi od strony południowej (w uskoku terenu) betonowymi schodami.
W odległości ok. 30 m na północ od obecnego wejścia do kościoła w XIX w. pobudowano istniejącą do dziś dzwonnicę z cegły. Podjazd przed głównym wejściem do kościoła, gdzie wzniesiono w XIX w. magazyn zbożowy, znajduje się na terenie pierwotnego cmentarza.